A prática da MGF é comum em grande parte do Continente Africano, em alguns países do Médio Oriente e algumas zonas da Ásia e América Latina. Esta prática também existe na União Europeia, entre certas comunidades originárias de países praticantes da MGF.

O número exato de mulheres e raparigas que sofrem MGF na Europa ainda é desconhecido, embora o Parlamento Europeu calcule que, cerca de 500.000 mulheres vivem na Europa, e mais de 180.000 mulheres e raparigas estão em risco de serem submetidas a esta prática tradicional nefasta, anualmente.

A MGF é praticada na maioria dos casos em África e certos países do Médio Oriente. Também acontece, devido a comunidades imigrantes, em certas regiões da Ásia e do Pacífico, América do Norte, América Latina, e Europa.

Somália, Sudão, Djibuti, Serra Leoa e Eritréia são os países africanos onde mais se pratica, com taxas acima dos 80%. Na Ásia evidenciam-se países como a Índia, Indonésia, Sri Lanka e Malásia. No Médio Oriente surgem no topo da lista Egito, Omán, Iémen e Emirados Árabes Unidos. Na América Central e do Sul é praticada no Peru e na Amazónia, apesar da pouca informação existente, e noutros países como Austrália, Canadá, Dinamarca, França, Itália, Holanda, Suécia, Reino Unido, EUA já há setores da população a realizar a MGF.

Em Portugal ainda não há estudos que indiquem a sua prevalência, no entanto, dos 445.262 estrangeiros que vivem em Portugal, o grupo mais significativo é originário de um país onde a MGF é realizada: Guiné-Bissau (19.817 residentes em Portugal).

Foi realizada uma investigação com 52 profissionais de saúde em três regiões (Lisboa, Amadora e Almada). 13,5% dos inquiridos afirmou que a MGF é realizada em território português e cerca de 27% disse ter visto pacientes com MGF.

Uma das medidas propostas no segundo o Programa de Ação para a Eliminação da Mutilação Genital Feminina é o desenvolvimento de indicadores para monitorizar o número de meninas e mulheres com MGF e o lançamento de um estudo de prevalência sobre a MGF em Portugal.