Na década de 1990, o rio Ave foi considerado um dos mais poluídos do país, fruto do crescimento da indústria têxtil, mas os milhões de euros aplicados na despoluição e o fecho de fábricas, principalmente em Guimarães, ajudaram a minorar a situação, apesar de as descargas poluentes ainda serem uma realidade e ameaçarem a candidatura desta cidade a Capital Verde Europeia em 2020.

Já o Cávado, que atravessa o concelho vizinho de Braga, é visto como "uma enorme mais-valia" para a região, com o vereador do Ambiente, Altino Bessa, a manifestar a intenção de "aproximar" a cidade ao rio, criar hábitos de usufruto das margens ribeirinhas para lazer e turismo e de ter uma "fiscalização apertada e mão pesada" contra as descargas que continuam a ocorrer.

Quanto ao rio Douro, o presidente da empresa municipal Águas do Porto, José Fernandes, revelou estar a decorrer o concurso público para completar a rede de saneamento básico, atualmente nos 97% de cobertura, "poupando assim o rio Douro aos esgotos" urbanos.

No Tâmega, afluente do Douro, há suspeitas de que quando o rio entra em território nacional já vem poluído, estando o Ministério do Ambiente português está a acompanhar a situação.

Na região entre Douro e Vouga, um dos casos de poluição que continua por resolver é o do rio Antuã. A freguesia de Milheirós de Poiares, Santa Maria da Feira, tem desde 2013 uma praia fluvial, mas, menos de cinco quilómetros adiante, aquele rio chega ao concelho de S. João da Madeira poluído, devido a esgotos ou descargas industriais.

Já em Aveiro, os canais urbanos da Ria tinham um cheiro nauseabundo quando recebiam os esgotos da cidade, o que se inverteu nas últimas décadas. Hoje, todos os municípios envolventes à Ria de Aveiro encaminham os efluentes para o sistema intermunicipal de saneamento.

O rio Paiva, no distrito de Viseu, por várias vezes visto como o menos poluído da Europa, apresenta uma elevada diversidade de espécies, habitats e ecossistemas, alguns dos quais prioritários a nível europeu, estando classificado na Rede Natura 2000.

No distrito da Guarda, mantém-se a poluição do rio Noéme, porque falta concluir a ligação de um efluente à Estação de Tratamento de Águas Residuais (ETAR) de São Miguel. A poluição deste curso de água tem preocupado autarcas, ambientalistas e moradores das localidades ribeirinhas.

Em Leiria, a ribeira dos Milagres é fustigada há décadas por descargas suinícolas. A situação está em fase de resolução, com a construção da estação de tratamento de efluentes de suiniculturas.

No distrito de Santarém, o rio Alviela é o mais "tristemente famoso" curso de água pelo histórico de poluição, sobretudo devido aos metais pesados da indústria de curtumes. O rio Nabão, em tempos "massacrado" pela forte atividade industrial do concelho de Tomar, sobretudo da celulose, foi "despoluído naturalmente" com o encerramento das fábricas.

No litoral alentejano, a Quercus diz que o caso "mais problemático" acontece em Alcácer do Sal, com os esgotos da aldeia da Comporta e da sede de concelho a irem diretos para o rio Sado, estando em curso um investimento superior a 3,5 milhões de euros para fazer a ligação dos esgotos da parte sul da cidade a uma ETAR.

A associação ambientalista alerta, ainda, para dois casos "preocupantes" no distrito de Portalegre: o alegado não-respeito do caudal ecológico do rio Tejo no verão, o que provoca o aumento da poluição devido às águas paradas, e a deteção de sedimentos radioativos provenientes da central nuclear de Almaraz, em Espanha, localizada a apenas 100 quilómetros de Portugal.

Para a Quercus a poluição no Tejo é muito significativa junto a Vila Velha de Ródão (Castelo Branco), causada pelas indústrias existentes naquele concelho, além de outros focos de poluição localizados ao longo do percurso do rio até Lisboa.