Durante os tratamentos poderão surgir várias situações como náuseas, vómitos, dificuldades de deglutição e até alterações do funcionamento intestinal. Estas situações poderão provocar dificuldade alimentar e, por vezes, recusa ou incapacidade alimentar ou digestiva, parcial ou total. Neste caso, poderá ser necessário recorrer a alternativas que permitam o fornecimento dos nutrientes e energia necessários.

O recurso a suplementos nutricionais, como forma de completar a alimentação, implica a utilização de fórmulas concentradas sob a forma de pó (a adicionar aos alimentos), em forma líquida ou sob a forma de cremes (que podem ser usados como sobremesa ou como substitutos de refeições).

A alimentação através de sonda colocada no sistema digestivo da criança permite a administração de alimentos líquidos ou de fórmulas alimentares concentradas, garantindo assim o fornecimento dos elementos nutricionais necessários.

Por vezes é necessário recorrer à administração directa dos nutrientes na corrente sanguínea, a denominada nutrição parentérica.

O tipo de alimentação, a forma de administração e o tempo de duração variam de acordo com a situação de cada doente.