Portugal conta atualmente com 82 centros de referência em hospitais para tratar doenças específicas, como cancro ou cardiopatias congénitas. A maior parte desses centros fica localizada nos grandes hospitais das grandes cidades do país, nomeadamente Lisboa, Porto e Coimbra.
Na área de Oncologia Pediátrica, os centros reconhecidos foram o Instituto Português de Oncologia Francisco Gentil do Porto (IPO Porto), em colaboração interinstitucional com o Centro Hospitalar S. João, o Centro Hospitalar e Universitário de Coimbra e o Instituto Português de Oncologia Francisco Gentil de Lisboa (IPO Lisboa) em colaboração interinstitucional com o Centro Hospitalar Lisboa Central e com o Centro Hospitalar Lisboa Norte, no que diz respeito aos tumores do sistema nervoso central.
Para a transplantação renal pediátrica foram reconhecidos o Centro Hospitalar do Porto e o Centro Hospitalar Lisboa Norte.
Os centros de referência são unidades com reconhecidos conhecimentos técnicos para dar resposta a doentes com situações clínicas que exigem especial concentração de recursos.
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