Pré-aquecer o forno a 200º C. Forrar as formas de muffins com papel vegetal.
Ralar a maçã e a cenoura e reservar. Juntar os ovos com o óleo e açúcar numa taça, bater com a vara de arames até obter uma mistura bem ligada. Noutra taça, colocar as farinhas com a canela e o fermento, misturar tudo muito bem.
Juntar os ingredientes secos à mistura líquida, misturar bem, adicionar a maçã, a cenoura e as sementes de abóbora e incorporar tudo.
Distribuir a massa pelas formas de muffin enchendo apenas 2/3 da forma (ex. em cada forma coloquei duas colheres de sopa de massa).
Por fim, polvilhar algumas sementes de abóbora e açúcar em cada muffin. Levar ao forno pré-aquecido durante 25/30 minutos ou até estarem douradinhos, fazer o teste do palito após 20 minutos de cozedura.