São muitos os fungos que podem ameaçar a saúde das suas plantas. Se algum exemplar cultivado em vaso, de repente, fica debilitado sem que exista indício algum de parasitas ou carências, concentre-se nas raízes das espécies botânicas que cultiva. A maioria dos fungos são especialistas em atacar esta parte vulnerável das plantas cultivadas em recipientes. Como o substrato também pode ficar infetado, deve eliminar tudo o que puder para recuperar o exemplar. Além disso, lave e desinfete bem o vaso ou compre outro.

Depois de transplantar com novo substrato, elimine as raízes estragadas e trate a planta com fungicida adequado. Existem, no mercado, vários produtos especializados a que pode recorrer. A capacidade de sobrevivência dos fungos, que pode variar em função do seu tipo, do da planta que está a atacar e/ou do solo em que a mesma se desenvolve, obriga a uma vigilância atenta à parte exterior da planta. Situações de redução do crescimento sem motivo aparente, amarelecimento das folhas e necroses (acastanhamento) podem ser indícios de praga.